Catorce años después de derrotar al guerrero inmortal Himuro Genma y frustrar los malvados planes del Shogun de la Oscuridad, Kibagami Jubei continúa vagando por Japón como un espadachín sin maestro. Durante su viaje, conoce a Shigure, una sacerdotisa que nunca ha visto el mundo fuera de su aldea. Pero cuando un grupo de demonios destruye la aldea y mata a todos, Jubei se convierte en un objetivo principal tras adquirir la Joya del Dragón, una piedra de origen desconocido. Mientras tanto, Shigure, junto con el monje Dakuan y un joven ladrón llamado Tsubute, viaja a la aldea de Yagyu. Y con dos clanes demoníacos ahora persiguiendo a Shigure, Dakuan debe una vez más recurrir a los servicios de Jubei para proteger a la Sacerdotisa de la Luz.
