Un asteroide se dirige hacia la Tierra y, para evitar la inminente destrucción del planeta, la ISDA crea el "Dragonaut" tras encontrar un huevo de dragón bajo el océano. El propósito principal de esta arma es destruir el asteroide cuando llegue el momento. Sin embargo, pronto descubren que el asteroide no es su única amenaza, ya que poderosas criaturas similares a dragones, que buscan la destrucción, aparecen. Después de presenciar un asesinato por parte de una de las criaturas, Jin Kamishina, un solitario chico de 18 años que perdió a su familia en un accidente de transbordador, se involucra en los misterios de los dragones y se convierte en el piloto elegido del Dragonaut. Ayudándolo en su viaje está Toa, una misteriosa chica que lo salva de caer a su muerte después de que la criatura lo ataca.
