Star Trek hayranları, serinin diğer uzun soluklu bilim kurgu yapımlarından ayrılan en önemli özelliğinin bilimsel keşiflere daha fazla odaklanması olduğunu sıkça dile getirir. Ancak, Trek evrenindeki her yapımda Starfleet gemileri, karşıt güçlerle, ister başka bir galaksiden gelen uzaylılar olsun, ister kendi subaylarıyla olsun, çatışmalara girmektedir. Bu durum, Star Trek II: Khan'ın Öfkesi'ndeki ölümcül kovalamacadan Star Trek: Discovery'nin açılış savaşına kadar pek çok ikonik an yaratmıştır. Ancak en ikonik Star Trek savaşı, hayranları derinden sarsarak seriyi yeniden tanımlamıştır.

Bu savaş, Star Trek: The Next Generation'ın "The Best of Both Worlds" adlı iki bölümlük hikayesinin merkezinde yer almaktadır. Kötü niyetli siber zeka Borg, bir koloniyi tamamen ele geçirir ve bu durum U.S.S. Enterprise-D'nin dikkatini çeker. Borg, Jean-Luc Picard'ı (Patrick Stewart) kaçırıp asimile ettikten sonra, Starfleet, Wolf 359 yıldızının yakınında bir Borg küpüyle çatışmaya girer. Ortaya çıkan savaş, bir katliam niteliğindedir; Wolf 359'daki hiçbir gemi, Borg'un ateş gücü veya saldırılara uyum sağlama yeteneğiyle başa çıkamaz. Bu savaş, Star Trek'in en iyi serilerinden birinin başlangıç noktası olacaktır.

"The Best of Both Worlds" bölümü, Wolf 359 Savaşı'nı tam olarak tasvir etmemekle birlikte, Starfleet'in karşılaştığı korkunç durumu vurgular. Enterprise-D, parçalanmış uzay gemileriyle dolu dev bir alandan geçerken, bu savaşın dehşetini gözler önüne serer. Star Trek: Deep Space Nine'ın pilot bölümü "Emissary"de bu savaş tekrar ele alınır ve olaylar daha trajik bir hal alır. Benjamin Sisko (Avery Brooks), U.S.S. Saratoga'dayken Borg tarafından yok edilen gemide bulunur; oğlu Jake'i kurtarmayı başarırken, eşi Jennifer Saratoga'nın kurbanları arasında yer alır. Deep Space Nine, ilk bölümünde Borg'un temsil ettiği dehşeti etkili bir şekilde sunar ve Wolf 359'un ardından Sisko'nun Picard'a karşı duyduğu öfkeyi aşma çabasını vurgular.

Sisko, Wolf 359'un tek hayatta kalanlarından biri değildir ve Picard'a karşı kin besleyen tek Starfleet subayı da değildir. Star Trek: Picard'ın son sezonunda, Picard sık sık U.S.S. Titan'ın kaptanı Liam Shaw (Todd Stashwick) ile çatışır. "No Win Scenario" bölümünde Shaw, Wolf 359'daki savaşa katıldığını ve komutanının onu gemisi yok olmadan hemen önce bir şatoya yerleştirerek hayatta kalmasını sağladığını açıklar. The Next Generation da bu savaşa geri dönecektir...