Avare olmak isteyen Kanata, ünlü bir Avare olan Tokio ile müze kalıntılarında keşfe çıkmışken hafızasını kaybetmiş bir Magus bulur. Daha sonra Bitiriciler saldırır ve Kaya Kent'i tehlikeye sokar.

Kanata, Noir'ın geçmişiyle ilgili ipucu aramak için onu buldukları müze kalıntılarına geri döner. Baccarat Yuvası’nın suç örgütünde yönetici olan Range, Noir'ı Kaya Kent’ten ayrılması için kandırmaya çalışırken, Noir melek gibi bir sese sahip olan Magus Ciel ile tanışır.

Kanata artık Noir'ın efendisidir ve bir Avare olma yolunda ilerlemektedir. Tokio, Kanata'yı gerçek bir erkeğe dönüştüreceğini ilan eder ve onu zevk şehri Arzu Yuvası’na götürür. Ellie, Ange ve Noir bunu duyunca Kanata'yı geri getirmek için Arzu Yuvası’na giderler.

Kanata güçlenmek ve Noir'a muhtaç olmamak için Bitiriciler’le savaşır. Yenilmek üzereyken bir Beşik Tabut ortaya çıkıp Bitiriciler’i uzun menzilli atışla öldürür. Kurtarıcıları kendilerini Claudia ve Magus ortağı Flamme olarak tanıtırlar ve Kanata'dan farklı bir istekleri vardır.

Kanata, daha güçlü bir Avare olmak istiyorsa, Magus ortağıyla bağını güçlendirmesi gerektiğini öğrenir. Noir ile birlikte Fes labirentinin kalıntılarına doğru yola çıkar. Bu sırada Tokio, Amasian türü Zero Magus'a ve onların Avare’lerine saldıran bir grup olduğunu öğrenir.

Kanata ve Tokio, AO Kristali ararken yağmura yakalanırlar ve Tokio yakındaki kumar şehri Baccarat Yuvası’na sığınmalarını önerir. Burada salonda şarkı söyleyen yalnız bir Magus ile karşılaşırlar. Bu, Range onu kaçırmaya çalışırken Noir'ın tanıştığı Magus Ciel'dir.

Noir'ın geçmişi hakkında daha fazla bilgi edinmek isteyen Kanata, Maria'dan, Noir’a bakım yapmasını ister. Ellie, Magus'u hizmet dışıyken Kanata ile ilgilenmeye gider, ancak Noir’ın sorumluluğu altındayken dağınık olan evin artık Ciel varken tertemiz olduğunu fark eder.

Kanata, Ellie'yi Aqua Uydusu’na davet eder. Ellie bunun bir randevu olduğunu düşünerek heyecanlanır. Ancak geldiklerinde tüm ekibin orada olduğunu görür. Ciel sahneye çıktığında kalabalığı çılgına çevirir ve havuz başında çok eğlenirler.

Tüccar Yuvası'na giderken Kanata, yağmurda yürüyen yalnız bir Avare görür. Tüccar Yuvası'nda yolları tekrar kesiştiğinde Avare kendisini Alba olarak tanıtır. Alba kıdemli bir Avare’dir ve Kanata'ya Magus'ları araştırdığını söyler.

Birisi ya da bir şey, Kaya Kent’i çevreleyen Yuvaları yıkıp döker. Kanata olanları araştırmak ister ama Tokio reddeder. Kaya Kent’in lideri soruşturmayı birlikte yürütmelerini emrettiğinde ikisi aynı fikirde olmaz. Aralarında bu gerginlik varken, Kanata kendi başına yola çıkar.

Yakın Yuva'lardan gelen Avare’ler, Gümüş Fırtına ile yüzleşmeye hazırlanan Kaya Kent’in yardımına koşar. O sırada Noir'ın peşinde olan gizemli grup, kaostan yararlanıp Ciel'e Kanata'yı yok etmesini emreder. Savaş uzadıkça Avare’ler hayatta kalma umutlarını kaybetmeye başlar.

Gümüş Fırtına'ya karşı savaşın son aşaması. Yaralanmayan kimse kalmamıştır ve Kanata pes etmeyi reddetse de, geliştirilmiş DAISYOGRE bile çaresizce mücadele etmektedir. Bu ölümüne mücadelede Noir'ın endişeleri tavan yapar ve bir dönüşüm geçirir.

Gümüş Fırtına'ya karşı yapılan hararetli savaşın üzerinden birkaç gün geçmiştir, ancak Noir, Mystere'ye dönüştükten sonra hâlâ eski hâline dönmemiştir. Kanata, Noir'in uyanmasına yardımcı olması umuduyla Mystere'yi Noir ile anılarını paylaştıkları yerlere götürür.

Mystere Kanata'ya Histoire'ın gerçekten var olduğunu söyler. Kanıt olarak, kendisi ve eski efendisinin seyahatleri sırasında bir zamanlar Histoire'ın ağıyla temas kurduklarını gösterir. Ancak Kanata'nın Histoire'a ulaşabilmesi için bazı eğitimlerden geçmesi gerekecektir.

Kanata, efsanevi Histoire'a dair ipuçları aramak için eski bir uzay limanına sahip olduğu düşünülen Kartaca yakınlarına gider. İçeri girmeye çalışır, ancak aniden saldırıya uğrar. Saldırganlara karşı koyunca Kanata, Magus'u için bir düelloya davet edilir.

Noir, Mystere'nin kendini onarma süreci tamamlanınca kendisinin yok olabileceğini öğrenir. Mystere yanında olursa Kanata'nın daha iyi olacağına inanarak kaderine razı olur. Kanata bu kararından habersiz olduğu için işler karışır. Noir son bir jest olarak ona yemek yapmaya karar verir.

Noir'ın düşüncesiz davranışı yüzünden hem kendisi hem de Mystere bozulur. İkisi de uyanmayınca Kanata, Alba'dan yardım ister. Alba, Kanata'ya onları kurtarmak için bir Zero Türü Magusa daha ihtiyaç olduğunu söyler. Amasia harabelerinde olabileceğini duyan Kanata ve Ciel onu bulmaya gider.

Güvendiği bir müttefiki tarafından ihanete uğrayan Kanata esir alınır. Daha da kötüsü, iki arkadaşı daha İdeal'in üyeleri arasındadır. Weisheit, son bir darbe ile sırtından bıçaklarcasına şok edici bir geçmişi ortaya çıkarır.

Ellie, Kanata için endişelenerek onu aramaya gelir. Onu şoke olmuş ve hareketsiz durumdaki Ciel'e sarılmış hâlde bulur. Kanata kendini suçlamaktadır. Noir ve Mystere için zaman tükenmektedir ama o bir seçim yapamaz. Kanata hararetli bir tartışmanın ortasında bir karar vermek zorundadır.

Pascale bıraktığı mesajda Noir ve Mystere'nin geçmişini, Histoire'la ilk temas kurmalarıyla başlayarak ayrıntılarıyla anlatır. O sırada Macht, Schnee ile sözleşme yapmasını anımsar. Kanata'ya karşı savaşacağı an yaklaşırken, anıları İdeal'in sırrını ortaya çıkarır.

İdeal'e karşı savaş yaklaşırken, Kanata DAISYOGRE ALTER'i geliştirmektedir. Noir ise Ciel'in hayatını kurtarmış olmasını hâlâ kabullenememiştir. Dolaşırken Ciel'in bir hayranına rastlar. İkili Ciel'in şarkılarını anarken, Noir Kanata'ya şarkı söylemek istediğini söyler.

Maria'nın roketi tamamdır ve Kanata sonunda Histoire'a gidebilir. Buna karşı olan İdeal onu durdurmaya çalışır. Weisheit, Macht'a Mystere'yi Kanata'nın burnunun dibinden çalmasını emredince savaş çıkar. Kaya Kent'in Avareleri ile İdeal arasındaki savaş büyük bir çatışmayla başlar.

Kanata, Mystere'yi geri almak için kalan son roketle Weisheit'ın peşine düşmeye karar verir. O ve Noir, Kaya Kent'in halkıyla vedalaştıktan sonra sonunda Weisheit'ın onları sabırsızlıkla beklediği Histoire'a varırlar.

Her şey Weisheit'ın planladığı gibi gelişmiş ve tüm Maguslar işlevlerini yitirmişir. Ancak Noir benzersiz kökeni nedeniyle etkilenmeyen tek Magus'tur. Artık tüm umutlar ona bağlanmıştır. Kanata ve Noir'ın son çarpışmalarında Weisheit ile karşı karşıya gelme zamanı gelmiştir.