Birinci sezonun finalinde olanlardan yaklaşık üç ay sonra USS Cerritos bir göreve gönderilir. Burada Komutan Ransom’ın kazara bünyesine kattığı “tuhaf enerjileri” ortaya çıkaran bir bilim kurgu olayı yaşanır.

Alt Güverteler’deki dostlarımız, Boimler’ın ranzasına ve vardiya görevlerine atanan Asteğmen Jet Manhaver’la bağ kurmakta zorlanıyor. Bu sırada Boimler’ın USS Titan’daki beklediğinden daha hareketli olan hayatını kısa süreliğine görüyoruz.

Doktor T’Ana, kendisine özel bir görev verince Tendi, Mariner’ı yardıma çağırır. USS Cerritos’ta ise köprü mürettebatını ilgilendiren bir gizem Rutherford’ın içini kemirmektedir.

USS Cerritos, olmaması gereken bir yerde görülen tehlikeli bir Mugato’yu araştırmak üzere bir gezegene gönderilir.

Bütün köprü mürettebatı öz güvensiz bir uzaylı diplomatla boğuşurken Mariner ve Boimler efsanevi bir Yıldız Filosu partisinin yerini bulmaya çalışır.

USS Cerritos’taki anomali toplama günü, Alt Güverteliler tarafından farklı şekillerde karşılanır. Kaptan Freeman, Pakled’lerin anavatanında barış müzakeresi yapmaya çalışır.

Mariner ve Boimler, bilinçli bir bilgisayarla ıssız bir gezegende mahsur kalır. Cerritos’ta ise Yüzbaşı Billups’ın ona karşı gelen eski bir tanıdığına mühendislik becerilerini kanıtlaması gerekmektedir.

USS Cerritos’a gelen bir danışman, alt güverteliler ile köprü mürettebatının görev değişmesini gerektiren talimler yürütür.

USS Cerritos mürettebatı uzun bir ışık hızı yolculuğu sırasında dinlenirken Boimler köprüden bir dost edinmeye çalışır.

İkinci sezonun finalinde USS Cerritos, bir ilk temas görevinde Excelsior sınıfı bir yıldız gemisine eşlik etmekle görevlendirilir.