Shadow, Kırıkevren'in boşluğunda Sonic'e pusu kurar; Green Hill'in yıkımı yüzünden rakibiyle hesaplaşmak ve işi kendi eline almak ister.

Kaos Konseyi Boscage Prizma Parçası'nı ararken, Sonic robotların ormanı yok etmesini durdurmanın tek yolu olduğunu anlar: savaş.

Kaptan Dread'in ekibini kurtarıp Parça'yı geri almak için Sonic en iyi yaptığı şeyi yapacak: hızlı davranmak. Neyse ki beklenmedik bir müttefikten yardım gelir.

Kaptan Dread'in ekibi Sonic'in sadakatini sorgulayınca dostlar düşman olur. Ardından Parça'nın sahipliği uğruna açık denizlerde savaş patlak verir.

Kaos Konseyi New Yoke City'ye her zamankinden güçlü döner; bu, asileri gölgelerden çıkıp savaşı Konsey'in kapısına götürmeye zorlar.

Sonic dengiyle tanışır: asla başarısız olmayacak şekilde tasarlanmış robot ikizi Kaos Sonic. Bu sırada Kaos Konseyi imparatorluğunu genişletmeye karar verir.

Paradoks Prizması'nı yeniden birleştirmenin anahtarı Kırıkuzaylardan birindedir. Ama Nine ve Sonic, Parçaları oraya güvenle taşıyacak bir geçit bulabilecek mi?

Nine, Paradoks Prizması'nı birleştirirken Shadow ve Sonic zaman kazanmak için Konsey'le savaşır; ama hesaba katmadıkları büyük bir sürpriz vardır.