Действие происходит на далекой планете Zi, где разворачивается история о биомеханических существах, называемых Зоидами, которые служат мощным оружием в давнем конфликте между Республикой Хелик и Империей Гайлос. Хрупкое перемирие сохраняется, но нарастающее напряжение и возвращение древней технологии Зоидов угрожают вновь втянуть обе нации в войну. История следует за Ваном Флайхейтом, молодым мальчиком, который находит Фиону, загадочную девушку без памяти, и Зика, органоидом, способным усиливать боевые способности Зоида. Путешествуя с находчивой Мунбей и сдержанным наемником Ирвайном, группа ищет подсказки о прошлом Фионы. Их путешествие приводит их через Республику и в конечном итоге в сердце возобновившегося конфликта, который определит будущее Zi.
