Сериал происходит через тысячи лет после нашего времени и разворачивается вокруг Systems Commonwealth, конституционной монархии в звездной системе Тарн-Ведра. Человечество было открыто Commonwealth тысячи лет назад и стало его частью. Commonwealth распространился на три галактики, находящиеся на расстоянии трех миллионов световых лет друг от друга: Млечный Путь, Треугольник и Галактика Андромеды. Корабли путешествуют по заранее определенным маршрутам, разрывая вселенную быстрее света от одного конца галактики до другого. Хотя Commonwealth выглядит как утопическое общество, оно находилось в состоянии войны с магогами, гуманоидным видом с лицами летучих мышей. Несколько лет назад, в качестве жеста доброй воли, Commonwealth выделил магогам планету. Жители этой планеты были генетически модифицированными Ницшеанцами. Ницшеанцы не были довольны мирными переговорами с магогами и начали тайно разрабатывать планы по захвату Commonwealth. Это можно связать с верой вида в концепцию "Übermensch" знаменитого философа Фридриха Ницше. Commonwealth защищался Высоким Стражем (High Guard) — флотом, состоящим из множества кораблей. Главный герой сериала, Дилан Хант, капитан корабля Commonwealth под названием Andromeda Ascendant. Компьютер этого корабля, мощный искусственный интеллект, является основным персонажем сериала. Высокий Страж, в который входит и капитан Хант, подвергся нападению Ницшеанцев. Экипаж был вынужден покинуть корабль, но Andromeda погрузилась в черную дыру и замерзла во времени. Через 303 года спасательный корабль Eureka Maru находит корабль Ханта. За время, пока он находился в замороженном состоянии, известная цивилизация изменилась. Экипаж спасательного корабля: Бека Валентайн, художник и мастер-пилот; супергений-инженер Шеймус Харпер, который может напрямую интегрировать свой мозг в компьютерную систему (он был спасен Бекой из мира, поработившего Ницшеанцами); Транс Джемини и Рев Бем. "Рев" — это сокращение от Реверант; несмотря на то, что он магог, и его дикая природа, он открыл религиозный культ под названием Путь, который напоминает даосское учение, и стал одним из монахов этой религии. Транс — это фея, похожая на розовую инопланетянку.
