Dr. John Watson'ın arkadaşı ve ortağı Sherlock Holmes'un Moriarty tarafından öldürülmesinin üzerinden altı ay geçmiştir. Watson kendi kliniğini açmıştır.

Watson ve arkadaşları, kendisinin İskoç bir asker olduğunu iddia eden tuhaf ve şaşırtıcı bir aile babasının vakasını araştırır. Watson, uzaklaştığı karısını merak eder.

Watson ve arkadaşları açık mikrofon gecesinde fenalaşan bir komedyeni tedavi eder. Watson'ın kendisi de fenalaşınca ekip endişelenmeye başlar.

Sasha, şu anki hastası ile tıp fakültesinde incelediği kadavra arasında bir bağlantı keşfettiğinde ekip vakanın izini sürer.

Watson, bir orak hücre hastasını alışılmışın dışında bir ameliyatla tedavi etmek için kariyerini riske atar.

Stephens, aniden fenalaşan kız arkadaşı için Watson'dan yardım isteme cesaretini toplar. Watson bir yandan Sherlock'un ölümü hakkında suçluluk hisseder.

Watson ve ekip hafızası her üç dakikada bir sıfırlanan bir kadına yardım ederken Watson işitsel halüsinasyonlarla mücadele eder.

Watson, zeki bir dolandırıcı ve Sherlock Holmes'ün eski bir arkadaşı olan Irene Adler ile karşılaşır. Bir yandan Angus'un tedavisiyle uğraşır.

Ingrid'in kız kardeşi Gigi'nin uyguladığı gizli tedavilerin yan etkileri yüzünden ekibin müdahale etmesi gerekir. Ayrıca Watson ve Mary bir araya gelir.

Watson, dünyanın en nadir görülen hastalıklarından biri ile karşılaşır. Uzaylı el sendromlu hastasını tedavi ederken kendini dedektif vakasında bulur.

Watson, ordu günlerinden kalma travmatik bir olay yaşayan eski bir arkadaşıyla yüzleşir. Bu arada Moriarty, Shinwell'den son bir iyilik ister.

Takımın bir kısmı uğursuz bir komplonun kurbanı olup hastalanır.Tüm ekibin onları kurtarmak için elini taşın altına koyması gerekir.

Sadece bir şişe panzehir ve hayati tehlikesi olan iki kişi olunca Watson ve ekibi imkansız bir seçim yapmalıdır.Moriarty Watson'la yüzleşir.