El loco científico Okabe, tras fracasar en su intento de salvar a Kurisu, se rinde y entierra su vibrante personalidad de científico loco en las polvorientas páginas del pasado. Ya no es el “Hououin Kyouma” que conocíamos. Cuando todo parece normalizarse, se encuentra con Kirusu, quien le dice que ha comenzado a probar un dispositivo que almacena la conciencia de una persona y que ha creado una simulación con personajes y personalidades. Okabe también comienza la prueba y experimenta que la simulación de Kurisu trae consigo algunas tragedias inesperadas. “Zero” es una historia secundaria que contribuye a hacer posible la historia original, explorando el futuro del Beta Attractor Field.