La historia del anime se desarrolla en una ciudad japonesa ficticia llamada Sugomori City. Un día, Noriko Sonosaki le dice a su compañero de clase Katsuhira Agata: "Has sido seleccionado para ser un Kiznaiver." El Sistema Kizuna, que permite a Katsuhira compartir sus heridas, lo conecta con compañeros de clase cuyas vidas y personalidades son completamente diferentes a las suyas. El Sistema Kizuna es un sistema incompleto para la implementación de la paz mundial que conecta a las personas a través de las heridas. Todos aquellos que están conectados a este sistema se llaman Kiznaivers. Cuando un Kiznaiver resulta herido, el sistema divide y transmite la herida entre los otros Kiznaivers. Sugomori City está construida sobre terrenos recuperados, pero a medida que pasan los años, la población de la ciudad está disminuyendo. La historia se desarrolla en este pueblo donde viven Katsuhira y los demás.
