Gibbs ve Franks, karizmatik bir liderin bulunduğu gizemli bir yerleşkeye bağlı genç bir Denizcinin kayboluşunu araştırırken, Lala'nın kaderi ortaya çıkar.

Üniversiteli bir yüzücünün cesedi sahile vurunca, ekip bunun bir kaza mı yoksa cinayet mi olduğunu belirlemelidir. Ayrıca Gibbs ilk sorgusuna hazırlanır.

Genç Ducky, bir dava üzerinde çalışırken ekibin yanında olmak üzere Camp Pendleton'a gönderilir ve bu süreçte yıllar önce yolları kesişen Gibbs ile yeniden bağlantı kurar.

Franks'in küstüğü ağabeyi Mason, dibe vurduktan sonra çaresizce yardım istemek için şehre geldiğinde gerilim tırmanır. Ekip ayrıca, bir Donanma bankasının soygununu araştırırken, kazasının ardından hâlâ mücadele eden Lala, geleceğiyle ilgili bir karar verir.

Gibbs ve NIS ekibi, küçük bir kasabada bir deniz subayının ölümünü araştırır, ancak adaleti sağlamakta zorlanırlar.

İsimsiz bir ihbar, tüyler ürpertici bir suç mahallinde genç bir Deniz Piyadesinin cesedinin bulunmasına yol açtığında, Randy bunun kurbanın boğazında bir bozuk para bırakıldığı önceki bir vakayla bağlantılı olabileceğine inanır. Ayrıca Franks, kardeşi Mason'a ait paha biçilmez paketleri bulmaya çalışır.

Ekip, gizli bir görev için yakın zamanda özel olarak seçilen bir Deniz Piyadesinin cinayetini araştırır. Ayrıca, Wheeler'ın kişisel hayatı altüst olur, Lala, Vera'dan gelen beklenmedik bir haberle sarsılır ve Gibbs ile Diane, Randy ve karısıyla çifte randevuya çıkar.

Lala'nın en sevdiği CI vurulduğunda, ekip saldırının arkasında kimin olduğunu belirlemek için Oceanside Polis Departmanı ile güçlerini birleştirir. Ayrıca Franks, kardeşi Mason'ı kampta ziyaret eder ve Gibbs'in Diane ile ilişkisi, Diane'in Los Angeles'ta işe girmesiyle sınanır.

Ekip, Gibbs'in Diane ile sarhoşken Las Vegas'tan kaçarak evlendiğini öğrenince, yeni evliler geleceklerini düşünmeye başlarlar. Ayrıca ekip, Mason'ın kaldığı Pruitt yerleşkesiyle bağlantılı olan ölümcül bir sinema bombalamasını da araştırır.

Camp Pendleton'da ölümcül bir virüsün belirtilerini gösteren bir deniz piyade yüzbaşısı ortaya çıktığında, NIS karantina altına alınır ve Gibbs sorumluluğu üstlenmek zorunda kalır. Panik yayılırken, ekip bunun gerçekten ölümcül bir salgın mı yoksa tamamen başka bir şey mi olduğunu belirlemek için yarışır.

Suya batmış bir teğmenin cesedinin bulunması ve bunun uluslararası bir kaçakçılık şebekesiyle bağlantılı olabileceği şüphesi üzerine, NIS Panama ajanları yardıma çağrılır ve Gibbs eski bir düşmanıyla yüzleşir: Özel Ajan Dwayne Pride. İkisi birlikte tehlikeli bir gizli göreve atandıktan sonra, Gibbs geçmişlerinden kurtulmanın bir yolunu bulmalıdır.

NIS Bölge Direktörü Mary Jo'yu başka bir yere tayin etmeye çalışırken, Mary Jo, iki deniz piyadesinin yol kenarında ölümüyle ilgili soruşturmaya yardımcı olmak için Atlantic City'den eski bir arkadaşıyla yeniden bağlantı kurar.

Dr. Tango bir milli parktan insan kalıntıları çalmaktan tutuklandığında, Dr. Donald "Ducky" Mallard, onun masumiyetini kanıtlamak için ekibe yardım etmek üzere geri döner.

Ekibin güvenilir K-9 ajanı Gary Callahan bir suç mahallinde ağır yaralandığında, NIS suçluyu bulmak için harekete geçerken, Franks'ın Pendleton öncesi hayatından şaşırtıcı bir bölüm ortaya çıkar.

Lala’s determination to get Manny out of gang life lands the team in the middle of a turf war.

While Gibbs and Lala grow closer on a case, Gibbs’ long-distance relationship with Diane is further tested by the arrival of an unexpected guest.

NIS karargahının dışında bir araba bombası patladığında Wheeler komutayı devralır. Ayrıca, Franks'ın avukatlara duyduğu nefretin ardındaki gerçek de ortaya çıkar.

Camp Pendleton ofisinin kapanma tehlikesiyle karşı karşıya kalmasıyla ekip belirsiz bir gelecekle yüzleşiyor.