İnsan ırkının son temsilcileri, yaşam formları ve yapay zeka arasındaki sınırları belirsizleştiren BRAI adlı devamlı evrilen varlığa karşı hayatta kalma mücadelesi verir.

Leon yeni güçleri sayesinde korkunç bir BRAI'ı yenerek araştırmalarının etkisini kanıtlar. Bu başarı Cain'in kenti korumak için bir ittifak teklif etmesine yol açar.

BRAI'lara karşı taktik üstünlük sağlamayı umut eden Jay, istemeye istemeye Leon'a stabil olmayan hiperdisk sistemi üzerindeki araştırmasına devam etmesini emreder.

Yeni bir tür BRAI, kenti yok olmanın eşiğine getirdiğinde, reaktör kazasından sorumlu olduğunu hisseden Leon ön cepheye gitmeyi teklif eder.

Bir kargo uçağı bilinmeyen bir güç tarafından imha edildiğinde Leon, bunun kuş benzeri bir BRAI'ın işi olduğundan şüphelenir.

Birlikte öğrencilik yaptığı Wang'a karşı verdiği mücadelede ağır yaralanan Queenie Yoh, Wang'ın kontrol ettiği kanatlı bir BRAI ile yüzleşmek için gökyüzüne çıkmalıdır.

Şehre inmek için şık bir şekilde giyinen Leon'un birine âşık olduğunu düşünen Chloe onu takip eder. Ancak Leon tuhaf bir fenomenin izini sürmektedir.

Kentte birkaç kişinin çok güçlü kurşunlarla öldürülmesinin ardından Leon ve Pandora ekibi daha fazla kişinin yaralanmasını önlemek için katili bulmak zorundadır.

İçlerinden biri yaralandığında Pandora ekibi bunun sorumlusunu bulmak için harekete geçer. Cain yaşamasına izin veren kötü şöhretli keskin nişancının öyküsünü anlatır.

Küstah Bay Gold, Cecile'i devirip kenti ele geçirmeye ant içer. Umutsuzca yardım etmeye çalışan Gren, Leon'a MOEV'inde yeni bir hiperdisk sistemi kurması için yalvarır.

Leon, BRAI'ın evrimini hızlandırıyormuş gibi görünen kara diski test ettikten sonra, reaktör kazasında ölen araştırma liderini anımsar.

Kentin dışında ölümcül bir hastalık yayıldığında ekip, şehri korumak ve gelen çok sayıda mültecinin kente girmesine izin vermek arasında seçim yapmak zorunda kalır.

Çok sayıdaki BRAI saldırısıyla reaktörün tehlikeli derecede kararsız hâle gelmesinin ardından Leon bunun nedeninin çekirdekteki bir sızıntı olabileceğini düşünür.

Operasyonel işlevsellik çökerken şehir duvarları dışındaki önemli yapıları yok eden çıyan benzeri bir BRAI, ekip tarafından durdurulmalıdır.

Hiperdisk sistemini kullanmanın yan etkileri büyük zarara neden olurken, Leon, hasar gören MOEV'lerini onarmaları için ekibi eski kulübesine getirir.

Şehrin kontrolünü ele geçirme mücadelesi dramatik biçimde sonlanır. Bay Gold'un danışmanı ve müttefiki olan gizemli Sieg, bitap düşmüş Leon'un karşısına çıkar.

Cecile yaralarını sararken ortadan yok olunca, Jay, onun dublörü olarak Queenie'yi tıpkı vali gibi görünmesi ve davranması için eğitir.

Son BRAI saldırıları sonucu ciddi bir gıda kıtlığı yaşanmasının ardından, Pandora ekibi bir tedarik konvoyunun güvenli şekilde şehre ulaşmasını sağlamalıdır.

Leon'un Sieg'le mücadelesinin neden olduğu yaraları iyileşirken, hiperdisk sistemini kullanan Pandora üyeleri tuhaf bir olayla karşılaşmaya başlar.

Gizemli bir enerji patlamasının yakındaki bir şehri yok etmesinin ardından, ekip, kendi şehirlerinin de aynı şekilde yok olmasını önlemenin bir yolunu bulmalıdır.

Gizemli bir BRAI onunla iletişime geçince Doug, MOEV'lerinden birine dönüştükten sonra bile kişiliklerinin aynı kalıp kalmayacağını Leon'a sorar.

Leon ve Queenie, reaktör çekirdeğini bastırmak için güçlerine ihtiyaç duydukları kayıp Fiona'yı bulmak için yola çıkar.

Arı benzeri bir BRAI sürüsü şehir duvarlarına doğru ilerlemektedir, fakat Leon amaçlarının düşmanca olmadığına inanır ve Gren'in biriminden onları vurmamasını ister.

Leon'un aklı çoklu boyutta tutsak kalınca, Fiona onu geri getirmek ve kurtarmak için bilincine girmeye karar verir.

Sieg'in şeytanî planı fiziksel olarak gerçekleşmeye başlarken, Cecile ve Pandora ekibi dünyayı kurtarmak için son görevlerine hazırlanırlar.

Sieg’in dehşet planı şehrin sınırlarını aşmaya başlamıştır. Leon ve Pandora ekibi, son savaşları için hazırlanır.