Tateyama Lisesi'nde ikinci sınıf öğrencisi olan Yukina, Kurobe Laboratuvarı'nı ziyarete gittiğinde laboratuvar saldırıya uğrar. Oradan kaçarken gizemli bir küpe dokunur.

Küpten Kennosuke Tokisada Ouma çıkar. Yukina'yı kurtarmaya çalışır ama bayılır. Toyama Körfezi'nden dev bir jeokabuk çıkar.

Kennosuke, yanında Yukina ile zafere çok yaklaşmıştır, fakat düşman jeokabuk kaçmayı başarır. Bir kez daha yakalanır, fakat yeniden kaçar ve Koharu'yu bulur.

Yukina'nın amcası, misafirliğinin uzun süreceğini anlayan Kennosuke'yi ailesiyle birlikte yaşamaya davet eder. Modern dünya onu şaşkına çevirmeye devam etmektedir.

Okula geri dönen Yukina, hayatının nihayet normale döneceğini düşünmektedir. Ta ki yeni öğrenciyle göz göze gelene kadar.

Ken ve Yukina Sarı Yengeç adlı dev robotla mücadeleye devam ederler. Sınıf arkadaşları Akagi ve Kayahara yetkilileri atlatarak çatışma alanına daha da yaklaşır.

Sarı Yengeç'in pilotu kendi canına kıydıktan sonra, Yukina tüm savaşma isteğini kaybeder. Okulda Akagi ve Kayahara'nın halen kayıp olduğunu duyar.

İstilacıların talepleri sürtüşmeye neden olurken, Yukina çatışmadan kaçmak için evden ayrılır. Kennosuke onu aramaya çıktığında hakkında hiçbir şey bilmediğini fark eder.

Dev bir düşman jeokabuk ortaya çıkar ama Yukina kayıp olduğu için merkezin bu jeokabuğa karşı çıkacak gücü yoktur. Ken, Akagi ve Kayahara arayışa devam eder.

Yakalanan pilot araştırma merkezine geri getirilir ve sorgulanır. Bir nesneyi bulmaya geldiğini söyler. Ken, pilotu bir yerden tanıyor gibidir.

Düşman pilotu beklenmedik şekilde kaçar ve jeokabuğunu onarır. Yukina ise Kuromukuro'da görevlendirilir, ancak yolda pilotla karşılaşır.

Yaz tatili demek, Ken ve Yukina için daha fazla idman demek. Akagi'nin tek isteği ise pilot olmak.　

Ken'in Kuromukuro'su, GAUS ile birlikte dev bir jeokabuğu defetmek için savaşır. Bu sırada, Kayahara'nın Kültür Fuarı planı heyecan yaratır.

Kennosuke, prensesinin yüzüne sahip bir kadın tarafından kovalanmaktadır. Prenses işini bitirmeden önce, gizemli biri onu korumak için ortaya atılır.

Yerel halk bölgeyi boşaltmaya başlar ve okulun öğrencileri bölge dışına nakledilir. Carlos, durumu hakkında ne diyeceğini bilemez.

Tek pilotlu GAUS'ta mükemmel performans sergileyen Sophie, Ken'i etkilemiştir. Ancak Ken, ailesinin Sophie'nin Japonya'dan ayrılmasını istediğini öğrenir.

Graham kayıp iki düşman pilotu bulmak için kapsamlı bir arama talimatı verir. Bu esnada Efidolg ana gemisi ilave bir jeokabuk gönderir.

Yukina ve isteksiz Ken maaşlarını alırlar ve birlikte kaplıcalara gitmeye karar verirler. Planları hakkındaki söylentiler okula yayılır.

Araştırma Enstitüsü Yukina'nın ortadan kaybolmasıyla panikler. Dr. Hausen sürpriz bir buluş gerçekleştirir. Bu sırada Sophie esrarengiz bir mesaj alır.

Ken yoldadır, ancak Yukina kaçma planını hazırlamaya başlamıştır. Karşılaştığı Mirasa ona saldırır. Bu sırada Sophie, düşman hakkında daha fazla bilgi edinir.

Ken ve Yukina güvenli bir şekilde dönmüştür; ancak, araştırma merkezi düşman ana gemisinin kısa süre sonra dünyaya ineceğini öğrendiğinden, sevinmeye vakit bulamazlar.

Düşman, araştırma merkezini kuşatır. Evde ise Yukina ve diğerleri, Efidolg ve Yukina'nın kayıp babası Takehito ile ilgili eğitim görmektedir.

Ken ve Yukina, Muetta'yı okula götürür ve bu durum geri kalan az sayıda öğrenci arasında heyecan yaratır. Carlos, senaryosunu tamamladığını açıklar.

Gerçeğin peşine düşen Muetta, eski yoldaşlarını karşısına alır. Karar anının yaklaştığını fark eden herkes, kendi hazırlıklarını yapmaya başlar.

Ken ve Zell, düşmana direnebilen bir güç olduğunu öğrenmenin şaşkınlığını yaşar. Okuldaki herkes Yukina ve diğerlerinin dönüşlerini beklemekten sıkılır.

Efidolg'a karşı verdikleri mücadele sayesinde, karakterler kendilerini amaçlarına daha yaklaşmış hisseder. Kennosuke ise izlemesi gereken yolu keşfeder.