La historia, ambientada en Japón en 2071, narra cómo el mundo ha sido casi destruido por misteriosas criaturas conocidas como Aragami. Una organización llamada Fenrir utiliza armas llamadas "God Arcs", producidas a partir de las células de los Aragami, para exterminarlos. A quienes se especializan en matar Aragami se les llama "God Eaters". En el pasado, los God Eaters solo podían usar un tipo de God Arc, ya sea en modo cuchillo o en modo arma. Sin embargo, con el descubrimiento de un nuevo tipo, ahora es posible alternar entre estos dos tipos de armas. Desde entonces, los God Eaters se dividen en nuevos y antiguos tipos.
