La historia comienza cuando el estudiante de secundaria Kazuki Muto es asesinado una noche al salvar a una misteriosa chica de un monstruo, solo para despertar en su dormitorio escolar, creyendo que había sido un sueño; sin embargo, pronto descubre que ese sueño no era un sueño en absoluto cuando un monstruo serpentino gigante lo ataca a él y a su hermana. Tokiko Tsumura, la chica que salvó, explica que el monstruo es un homúnculo. Kazuki había sido atacado y asesinado por él cuando la estaba rescatando; sin embargo, ella, sintiéndose responsable por él, lo revivió colocando un medallón Kakugane en su pecho, sirviendo como un corazón de reemplazo.
