Emily, son iki sezondaki eylemlerinin sonuçlarıyla uzlaşmakta zorlanırken, FBI'da açığa alınmasının son günlerini tamamlamaktadır. Sürekli tetikte olan ve diğerlerine güvenmeyen Emily, her yerde tehdit görür ve herkesi daha yakından inceler.

Ölümcül olayların ardından Emily, gizemli muhbiri Kai'nin yardımıyla Nick'i bulup kurtarmak için zamanla yarışmak zorundadır. Yerini tespit ettikten sonra Emily, ortada daha karmaşık bir entrikanın döndüğünü fark eder ve Nick'in öldürülmüş olma ihtimaliyle mücadele etmek zorunda kalır.

Aklı karıştırılarak ve uyuşturularak felçli bir hâle getirilen Nick, karanlık ve kapalı bir mekânda uyanır. Bu sırada Emily, cesedini görmediği sürece Nick'in öldüğünü kabul etmez ve onu geri almak üzere bir anlaşma yapar. Ama Dawkins'in bir tuzak kurduğunu ve herkesin tehlikede olduğunu öğrenir.

Emily'nin, FBI'ın Nick'in peşinden gitmesi talebi direnişle karşılaşır ve bu da onu Nick'e götürebilecek olan tek adamla yüz yüze getirecek riskli bir planı devreye sokmasına sebep olur. Bu sırada Avrupa'da bir yerde Nick, uyuşturularak ve psikolojik işkence görerek, gömdüğü suçluluk duygusunu ve bir FBI ajanı, bir koca ve bir baba olarak yaşadığı güvensizlik hislerini açığa çıkartır.

Emily, Nick'e götürülebilmek için Dawkins'in talebini yerine getirir ve yolda giderken zekice bir tezgâh çevirir. Bu sırada, Nick'in suçluluk duygusu ve paranoyası onu ele geçirmekle tehdit ederken, en sonunda kendisine musallat olan iç şüphelerine bir son verir.

Nick işkence görmeye devam eder ama kendisini alıkoyanların elinden kaçmak için bir fırsat bulur. Cal ve Emily, Nick'i kurtarmaya gider ve yolda yakınlaşırlar. Gizemli konuma ulaştıklarında Nick'in Boston'daki soruşturmasıyla bağlantılı bir delil bulurlar ama Nick'ten bir iz yoktur.

Emily, Nick karşılığında çalıntı dosyaları takas etmek için son bir teşebbüste bulunur ve hayatta olduğuna dair kanıt ister ama Nick'in heyecan verici bir kovalamacayla ellerinden kaçtığının farkında değildir. Nick FBI'la temas kurar ve Emily geçmişi hakkında Cal'la yüzleşmek için cesurca bir karar verir.

Emily ve Nick, mülteci kampına sızmak için bir plan yaparlar ve Cal da Armstrong'u bulup onu adalete teslim etme umuduyla bir Meridian güvenlik görevlisi kılığına girer. Bu sırada Crown ve Gunnarsen, Merdian'ın köstebeğine yaklaşır ve çiftliğe beklenmedik bir ziyaretçi gelir.

Nick, mültecileri kurtarmak için uğraşır ve Cal en sonunda Armstrong'la yüzleşir. Gunnarsen ve Crown, Müdür Yardımcısı Webb'i tutuklamaya gittiklerinde ölümcül bir şey keşfederler. Bu sırada Emily, Elliot'ın operasyonunun kaynağına inmeye çalışır ve ailesini korumak için her yola başvurur.

Flynn'in Boston'a dönmesiyle Emily ve Nick sonunda Flynn'le bir araya gelir ama Elliot'ın biyolojik silah tehdidi hâlâ devam etmektedir. Emily son çare olarak uç önlemler alır ve ailesinin güvenliğini sağlamak için tehlikeli bir karar verir.