El brillante científico Sōzō Haran estaba realizando investigaciones en Marte cuando creó a los Meganoides, una nueva forma de vida cyborg capaz de metacognición. De repente, el Dr. Haran perdió el control de su creación, ya que los Meganoides lo masacraron a él y a toda su familia, salvo a su hijo menor, el joven de 16 años Banjō Haran. Banjō escapó de Marte en una nave espacial con Daitarn 3, un super robot alimentado por energía solar. Ahora, con 18 años y viviendo en la Tierra, Banjō lucha contra los Meganoides y su líder, Don Zauser. Banjō debe reunir aliados para ayudarlo a detener la amenaza Meganoid, que aspira a convertir a todos los humanos en cyborgs y "mejorar" la raza humana.
