Spider-Man: Brand New Day presenta una nueva historia en la que Peter Parker, interpretado por Tom Holland, se embarca en una misteriosa aventura. Mientras Peter se enfrenta a nuevos enemigos como Scorpion (Michael Mando) y asesinos como Boomerang y Tarantula, la investigación del Detective Jean DeWolff (Liza Colón-Zayas) sobre los crímenes en Nueva York contiene pistas sobre el universo de Daredevil. Sin embargo, en esta historia, nada es lo que parece; los ninjas de la Hand vestidos de rojo podrían ser distracciones de otro enemigo de Spider-Man.

En el apartamento pop-up de Peter Parker en Brooklyn, se exhibe un tablero de evidencia lleno de huevos de Pascua de Spider-Man, donde aparece la imagen del jefe del crimen Tombstone (Marvin "Krondon" Jones III) y un hombre con gafas. Se cree que esta persona es Rose, el alter ego de Richard Fisk, el hijo del archienemigo de Spider-Man y Daredevil, Wilson Fisk, en los cómics.

Advertencia de spoiler para la temporada 2 de Daredevil: Born Again. Al final de la segunda temporada de la serie de Marvel Television, el antiguo abogado de Peter, Matt Murdock (Charlie Cox), revela su identidad como Daredevil para derrotar al Alcalde Wilson Fisk (Vincent D'Onofrio) en la corte. La encarcelación de Murdock y el exilio de Fisk indican que la ausencia tanto del Hombre Sin Miedo como del Rey del Crimen ha permitido que la Hand recupere su poder.

La historia de Rose está conectada con la narrativa de Born Again en los cómics de Daredevil de Marvel. La asociación de Fisk con el crimen pone fin a su fachada como un empresario legítimo. Después de Born Again, en los números de The Amazing Spider-Man, muchos enemigos de Spider-Man, como Rose y Hobgoblin, luchan por convertirse en el nuevo Rey del Crimen en la ausencia de Fisk.

Mientras Spider-Man busca la ayuda de Frank Castle en Brand New Day, el conflicto entre Castle y un Spider-Man vestido de negro que se encuentra durante su guerra contra el crimen revela las complejas dinámicas de esta nueva historia. Peter, preocupado de que esta guerra ponga en peligro a personas inocentes, intenta detener la violencia extrema de Punisher.