Paradoks Prizması'yla çarpışan Sonic, kendini New Yoke City adlı paralel bir dünyada bulur; buranın kasvetli havası ona tuhaf biçimde tanıdık gelir.

Bir elektrik kesintisi iki asiye Kaos Konseyi'nin laboratuvarına sızma fırsatı verir; orada Sonic'in enerji kaynağıyla arasındaki tuhaf bağ incelenmektedir.

Prizma Parçası'nı ele geçirmek için asiler Kaos Konseyi'yle savaşır. Sonra Sonic, dünyasını paramparça eden olaylar hakkında sarsıcı bir gerçek keşfeder.

Boscage Labirenti adlı boyutta Sonic, arkadaşlarının ağaçlarda yaşayan sürümleriyle karşılaşır; onu orman zemininde yaşayan bir canavara karşı uyarırlar.

Doğru boyuta dönmek için Sonic, arkadaşlarına savaş açan orman canavarını alt edip güçlü Prizma Parçası'nı ele geçirmek zorundadır.

New Yoke'a dönen Sonic, Nine'ı Direniş'e katılmaya ikna etmek için çırpınır; ama Nine'ın tek derdi kendine yepyeni bir yuva kurmaktır.

Tropik "Hiçbir Yer"de Sonic, cana yakın bir korsan çetesiyle ve eğlenceye bayılan gizemli kaptanlarıyla tanışır.

Sonic'in ekibi Prizma Parçası'na koşarken peşinde olanın yalnızca kendileri olmadığını fark eder. Kazanmanın tek yolu var: hızlı olmak!