Amerika'yı bir grip salgını tehdit ederken, Federal Ajan Brad Wolgast tedavi araştırmalarının son deneği olan 10 yaşındaki Amy Bellafonte'u üsse getirmekle görevlidir. Ancak, Amy ile tanışınca Brad'in projeye olan sadakati sınanacaktır.

Yaralı Brad ve Amy, Richards'tan kaçmaya devam ederken, Lila onlara uzaktan yardım etmeye çalışır.

NOAH'a getirildikten sonra Brad, Sykes ve Richards'la Amy'e yapılacak testlerde, onunla ile birlikte kalmak için bir anlaşma yapar.

Wolgast, Sykes ve Lear'ı Amy'i korumak adına yapacakları egzersizler için tesis dışında bırakmalarına ikna eder.

NOAH'a üst düzey bir yetkilinin zamansız ziyaretinde, Brad ve Amy kaçışlarını planlar. Bu sırada, Sykes ve Richards birbirlerinin amaçlarını sorgulamaya başlar.

Bir virüsün Proje NOAH'ın dışında görülmesi sonucunda Guilder ve Richard acil olarak bir arama ekibini harekete geçirir.

Brad ve Lila, beraber Amy'i kurtarma planı yaptıkları geçmişlerini hatırlar. Bu sırada, Savunma Bakanı, Horace Guilder'a NOAH Projesi konusunda tam yetki verir.

Amy bir virüs testine maruz kalırken, Brad herkesi bir araya getirir. Bu sırada, Lila ve Skyes, Amy'i Fanning'ten kurtarmak için bir panzehir üzerinde çalışırlar.

Amy, insanlık için neyin en iyisi olduğuna karar vermek zorundadır. Çünkü Fanning'i durdurmak ve Proje NOAH'ı bitirmek için büyük bir patlama gerekmektedir.

Virüs ABD’de yayılmaya başladığında Brad ve Lila, Amy’yi güvende tutmaya çalışırlar. Ancak Fanning yüzünden olaylar yakın zamanda kontrolden çıkacaktır.