Milan Dükü (Hugh Bonneville) 1477 Paskalya'sından hemen önce suikast edilir. Leonardo da Vinci çalışan bir uçma makinesi ve kablolar olmadan uçan bir mekanik güvercin tasarlamıştır. Papa 4. Sixtus'un eşcinsel ilişkisi olduğu öğrenilir. Leonardo tank, otomatik yüklenen top ve uçak tasarımlarını satar.

Leonardo Medici ailesi için bir savaş makinesi tasarlamaya başlar ve ilk girişimi başarısız olur. Ancak Lorenzo ona tamir etmesi için bir hafta süre verir. Bu arada, Leonardo Yapraklar Kitabı'nı araştırmaya da devam etmektedir. Papa, Leonardo'yu soruşturmak ve yiğitliği hakkında daha fazla şey öğrenmek için yeğenini gönderir.

Riario engages the Pope and a mysterious prisoner in a discussion concerning the count's defeat, while Leonardo searches for a rational explanation when an outbreak of demonic possession occurs at a convent, and the blame is placed on the Medicis.

Bechhi is accused of being a spy for Rome. The armies of Rome and Florence face off, and Leonardo reveals his latest weapon.

Lorenzo orders Piero da Vinci to defend his estranged son in court. During a performance for visiting royalty, Leonardo surprises the corrupt judge. Back at his workshop, Leonardo is surprised by the Turk.

A clue from the Turk about the Book of Leaves sends Leonardo to Wallachia, where he encounters Vlad Dracula. Lorenzo and Piero meet the Duke of Urbino. The search for the true spy continues.

Leonardo builds an underwater suit and uses the sewers to enter the Vatican, where he meets the Pope and the mysterious prisoner. Giuliano reveals the true identity of Rome's spy.

The Pazzis prepare a murderous plot for Easter Sunday. The Turk tells Leonardo where to find the Book of Leaves. Lucrezia makes a confession as Leonardo attempts to save the Medicis.