Кенджи Фудзикидо — служащий, чья жена и ребенок погибли в войне за территорию между ниндзя. В столкновении со своей собственной смертью Фудзикидо одержим загадочной душой ниндзя по имени Нараку Ниндзя. Фудзикидо обманывает смерть и становится "Убийцей Ниндзя" — Жнецом, предназначенным для уничтожения злых ниндзя, посвятившим себя личной войне мести. Действие происходит в антиутопическом подполье Нео-Сайтамы, где Убийца Ниндзя сражается с ниндзя синдиката Соukai в смертельной битве.
