Через десять лет после Церемониальной Битвы, подросток по имени Джудай Юуки (Джейден Юки) отправляется, чтобы присоединиться к Академии Дуэлей (Duel Academy), расположенной на удалённом острове у побережья Японии. Там он встречает своих однокурсников и находит несколько друзей, а также несколько врагов. Джудай попадает в самый низкий ранг Осирис Ред (Slifer Red), но продолжает проверять свои навыки против студентов и преподавателей, чтобы доказать свою ценность как Дуэлянта и заслужить уважение окружающих.
