Ajan John Doggett, FBI'ın Mulder'ı bulmak için başlattığı insan avını yönetmektedir. Scully ve Skinner ise meslektaşlarını bulmak için Lone Gunmen'dan edindikleri bilgiden faydalanırlar.

Kayıp Gibson Praise'i arama çalışmaları devam ederken Scully, Skinner ve Doggett, FBI'ı kandırmak için suret değiştirme yeteneğini kullanan uzaylı kelle avcısıyla karşılaşırlar.

Scully ve Doggett, yarasa benzeri korkunç bir yaratıkla bağlantılı cinayetleri araştırmaktadır.

Scully, kasaba halkının bir otostopçuya taptığı ıssız bir yerde mahsur kalır.

On yıl önce kaybolan bir çocuk bir anda ortaya çıkar fakat çocuk hiç büyümemiştir.

Karısını öldürmekle suçlanan bir adam, geçmiş hatalarını düzeltmesi için kendisine ikinci bir şans verildiği fark eder.

Doggett, kendini kurbanlarının rüyalarına yansıtabilen bir tarikat liderinin peşine düşer. Scully hastaneye yatar.

Ajanlar, duvarların arkasını görebilen bir katili bulmaya çalışmaktadır.

Scully ve Doggett, kendisini o hâle getiren kişileri öldürmeyi kafaya takmış metal adamın peşine düşerler.

Ajanlar, insan zihnini yönlendirebilen bir Kızılderili sufinin peşine düşerler.

Doggett, Mulder ve efsanevi bir Kızılderili sürüngeniyle bağlantılı bir gizemi çözmeye çalışmaktadır.

Doggett ve bir uzman ekip, Boston metrosundaki bir tünelde gerçekleşen tuhaf ölümlerin gizemini çözmek için zamanla yarışmaktadır.

Scully kendinin ve bir başka hamile kadının uzaylı bebek doğuracağından korkmaktadır.

Bir UFO'nun, kaçırılan hastalıklı kişileri tekrar yeryüzüne bırakmasının adından FBI ajanı Monica Reyes, Scully, Doggett ve Skinner, Jeremiah Smith'in peşine düşer.

Mulder defnedildikten sonra uzaylılar tarafından kaçırılan birinin cesedenin canlanması Scully ve Skinner'a umut verir.

Amerikalı bir sayım görevlisinin uzaylı istilasıyla ilgili Beyaz Saray'ı uyarmaya çalışması, Mulder'ı bir bilgi işlem merkezindeki verilere ulaşmaya teşvik eder.

Ajanlar, Doggett'ın oğlunun yıllar önceki ölümüyle bir bağlantısı olabilecek, kötü varlıkların ele geçirdiği bir adamın izini sürer.

Mulder ve Doggett, gizemli kara yağ virüsü taşıyan mürettebat üyelerinin bulunduğu bir petrol platformunda mahsur kalır.

Mulder, ölümcül bir sürüngen canavarla mahsur kalan Doggett ve yeni ortağını bulmaya çalışır.

Bir türlü durdurulamayan Billy Miles, genetik araştırma yürüten bilim insanlarını öldürmeye başlar. Daha sonra Scully'yi hedef alır.

Billy Miles ile FBI çalışanları arasında bir bağ olduğu ortaya çıkınca Mulder olayı sorgular. Scully doğum yapmaya hazırlanırken Reyes ile birlikte ıssız bir yere sığınırlar.