Mulder Scully'nin kanseri için bir tedavi ararken onun kanserinin kökeni hakkında çarpıcı bir keşfe sahip gizli bir araştırma tesisine girer.

Partneri hastanede komada yatarken Mulder sigara içen adamdan Scully'nin yaşaması için çok kritik öneme sahip bir bilgi edinir.

Geçmişe baktığımızda Lone Gunmen Mulder'la buluşup Amerikan halkını hedef alan gizli bir hükümet deneyini durdurmak için kuvvetlere katılır.

Mulder ve Scully bir gencin görünmez bir yaratık tarafından saldırıya uğradığı iddiasını araştırırken eski ölümcül bir lejyon tarafından takip edilirler.

Ajanlar şehirden uzak bir kasabada acayip bir yaratığın görülmesini araştırırken tamamen kontrolden çıkmış genetik bir deneyi gün yüzüne çıkarırlar.

Scully gizemli bir telefondan sonra bir kadının intiharını ve vefat etmiş kardeşi Melissa'nın kızı olabilecek genç bir bayanı araştırmaya başlar.

Emily Sim adındaki bir kız çocuğunun kötü niyetli bir anlaşma sonucunda meydana gelme ihtimali olan rahatsız edici hastalığını araştırmak için Scully onu evlat edinme girişiminde bulunur.

Mulder ve Scully güçlü zihin kontrol yetenekleriyle Mulder'ı istemeden sıradaki kurbanı olarak görebilecek çılgın bir suçluyu avlarlar.

Gizemli ağaçlar ajanların çözmeye çalıştığı, ard arda gelen ve açıklanamayan ölümlerin birincil şüphelisi olurlar.

Garip bir ölümün etrafında dolaşan büyücülük ve sihir dedikoduları Scully'i varlığı ölüm kokan küçük bir kıza ve lanetli bir oyuncak bebeğe götürür.

İnternetin diğer mucidi vahşice öldürüldükten sonra Mulder ve Scully suçlunun kendine ait zihni olan bir bilgisayar programı olabileceğinden şüphelenmeye başlar.

Sürekli olarak kanı azalarak öldürülen bir sığırı araştırırken ajanlar Texas'taki küçük bir kasabada bulunan bir vampir tarikatını açığa çıkarır.

Bir grup uzaylı yüzleri olmayan saldırganlar tarafından kaçırılıp diri diri gömüldükten sonra ajanlar olayın sömürgeleştirilen uzaylılarla alakalı olduğunu açığa çıkarır.

Mulder ve Scully dünyada kurulması planlanan uzaylı sömürge grubu hakkında daha fazla kanıt keşfeder ve insalığın özgürlüğü için son çözüm yolunu korumaya çalışırlar.

Kurbanların organlarının çıkarıldığı çözülemeyen ölümleri araştırırken Mulder babasının izine ulaşabileceği bir tür değiştirme deneyini açığa çıkarır.

Bir cinayette birincil şüpheli konumunda olan doğuştan kör bir kadın Mulder ve Scully'i kadının katillerin gözünden görebilme yeteneği olabileceği sonucuna götürür.

Gözleri yuvalarına kadar yanan bir kızın ölümü ruhların tekrar diriltilmesi için iyi ve kötü hakkında bir kehaneti açığa çıkarır.

Mulder iç savaş isteyen bir terör örgütünün içine gizli bir şekilde sızmaya çalışırken Scully bunun bir intihar görevi olduğunu farkeder.

Mulder patronunun gerçek bir canavar olduğunu iddia eden çalışanı sorgularken kendisi de gizli bir varlığı algılamaya başlar.

Mulder ve Scully hayatı tehlikede olan ve yeteneği sayesinde X-Files'taki tüm açıklanamayan olayları çözen 12 yaşındaki bir falcı kızı keşfeder.