На Землю движется астероид, и чтобы избежать неминуемого уничтожения, ISDA создает «Драгонаут», найдя драконье яйцо на дне океана. Основная цель этого оружия — уничтожить астероид, когда придет время. Однако вскоре они обнаруживают, что астероид — не единственная угроза, так как появляются мощные драконоподобные существа, стремящиеся к разрушению. Став свидетелем убийства одного из этих существ, Джин Камишина, одинокий 18-летний парень, который потерял свою семью в аварии на шаттле, оказывается вовлеченным в тайны драконов и становится избранным пилотом Драгонаута. В его путешествии ему помогает Тоа, загадочная девушка, которая спасает его от падения в смерть после атаки существа.
