История начинается, когда старшеклассник Казуки Муту убивают одной ночью, спасая загадочную девушку от монстра, и он просыпается в своей школьной общаге, полагая, что это был сон; однако вскоре он понимает, что этот сон вовсе не был сном, когда гигантское змееподобное существо нападает на него и его сестру. Токико Цумура, девушка, которую он спас, объясняет, что монстр — это гомункул. Казуки был атакован и убит им, когда спасал её; однако она, чувствуя ответственность за него, воскресила его, поместив медальон Какугане в его грудь, который служит заменой сердца.
