En el siglo XXI, el planeta Tierra se volvió inhóspito para la vida, y la gente migró en masa al Planeta Zi, el hogar natural de formas de vida metálicas conocidas como Zoids. Muchos años después, Zi enfrenta su final. Sus habitantes participan en el viaje de regreso a la Tierra. Intentando regenerar la Tierra para hacerla habitable, los migrantes idean un plan de "Zi-Formación". Sin embargo, el plan fracasa y la Tierra queda en un estado de caos. Inundada por los Zoids y afectada por fenómenos climáticos inestables, los migrantes enfrentan una vida difícil. Los asentamientos del Imperio y la República intentan descubrir Zoids enterrados en la Tierra para fortalecer sus respectivos ejércitos. La historia sigue a los ciudadanos de la Tierra de segunda generación: Leo Conrad y Buzz Cunningham, quienes tienen un encuentro fortuito con una chica llamada Sally Land mientras ella escapa de las garras del Imperio.
