Cuatro tortugas caen en una alcantarilla y se hacen amigos de un hombre japonés llamado Hamato Yoshi, quien es enviado a Nueva York y obligado a vivir en la alcantarilla. Un día, ven un extraño resplandor verde que transforma a las cuatro tortugas en criaturas humanoides. Hamato (ahora Maestro Splinter) se convierte en un enorme ratón debido al resplandor verde y enseña a las tortugas sus habilidades ninja mientras lucha junto a la reportera April O'Neil contra su eterno enemigo Shredder y un guerrero alienígena de la Dimensión X llamado Krang.
