Kenji Fujikido es un asalariado cuya esposa e hijo fueron asesinados en una guerra territorial de ninjas. En un encuentro cercano con su propia muerte, Fujikido es poseído por un enigmático alma ninja conocida como Naraku Ninja. Fujikido engaña a la muerte y se convierte en "Ninja Slayer" - un Segador de Almas destinado a matar a ninjas malignos, comprometido con una guerra personal de venganza. Ambientado en el inframundo distópico de Neo-Saitama, Ninja Slayer se enfrenta a los ninjas del Sindicato Soukai en combate mortal.
