En 2118, el 99.9% de la humanidad fue aniquilada por una fuerza alienígena invasora conocida como los Draktor. Los recuerdos de los sobrevivientes son borrados antes de reanudar la vida en refugios fortificados. La humanidad lanza un ataque para recuperar el planeta utilizando gigantescos robots conocidos como Rogues de clase Megaton. Yamato Ichidaiji es llamado a pilotar uno de los Rogues, justo cuando los recuerdos de la invasión regresan y surgen preguntas peligrosas.
