Honey Kisaragi es una estudiante de secundaria en la Escuela de Niñas Sainte Chapelle. En su cumpleaños número 16, al regresar a casa, descubre que su padre, Takeshi Kisaragi, ha sido secuestrado por la pandilla Panther Claw porque había descubierto un dispositivo que podría permitir la transformación del cuerpo humano. Esa misma noche, Honey Kisaragi conoce a un hombre de cabello blanco largo que le entrega dicho dispositivo. Así se convierte en Cutie Honey y lucha contra Panther Claw para salvar a su padre. Pero una nueva estudiante transferida, Seira Hazuki, no hará que su tarea sea fácil...
