Una forma de vida misteriosa conocida como Savage está atacando la Tierra, y solo hay una arma que puede contrarrestarlo: el Hundred. Para convertirse en un Slayer, un maestro de las artes militares capaz de manejar un Hundred, Kisaragi Hayato se inscribe en la academia marina ciudad barco Little Garden. Sin embargo, Hayato siente una extraña pero familiar sensación de incongruencia hacia Emile Crossford, su compañero de cuarto que de alguna manera lo conoce de algún lugar.
