La historia gira en torno a Haruka Nanase, un niño que siempre ha amado zambullirse y nadar. Antes de graduarse de la escuela primaria, participó en un torneo de natación junto a otros miembros del club, Makoto Tachibana, Nagisa Hazuki y Rin Matsuoka. Tras obtener la victoria, cada uno de los niños tomó su propio camino. Ha pasado el tiempo, y en medio de sus vidas de secundaria sin incidentes, Rin aparece y desafía a Haruka a una competencia, a lo que Haruka le muestra su abrumador poder. Sin querer que termine así, Haruka reúne nuevamente a Makoto y Nagisa, y convence a un nuevo miembro llamado Rei Ryugazaki para formar el Club de Natación de la Escuela Secundaria Iwatobi con el objetivo de vencer a Rin.