A.D. 2150. La batalla contra los Festum, las formas de vida de silicio del distante espacio exterior, había alcanzado una nueva dimensión. El Meir Polar Norte, que fue destruido durante la Primera Operación Azure, había dispersado sus fragmentos por todo el mundo. Todos comenzaron a actuar por su cuenta como Meirs independientes. La mayoría de los Meirs albergaban odio hacia la humanidad y desafiaron a una lucha; sin embargo, una parte de los Festum eligió la coexistencia con los humanos. En medio del fuego cruzado, la isla Ryugujima desapareció del frente de batalla y continuó su silencio. La isla había encontrado un medio para comunicarse con los Meir desde su encuentro con Misao Kurusu hace dos años. Los niños de ALVISS habían estado buscando una manera de entender al enemigo mientras se preparaban para la batalla. Y ahora, una vez más, una nueva evolución estaba a punto de ocurrir en la isla. Una chica que entiende el lenguaje de los Festum y una chica protegida por un Festum. Cuando las dos se encuentran, se abren las puertas a un nuevo universo.
