La última vez que cerró los ojos, Glass Heart oró para ser liberada del tormento que había causado como asesina. Un año después, despierta de un coma para descubrir una profunda cicatriz en su pecho y recuerdos que no son suyos. Estos vívidos flashbacks llevan a la joven asesina a Shinjuku y a la puerta de Ryo Saeba, el legendario City Hunter. Sin embargo, rápidamente se hace evidente que Ryo no es el limpiador que solía ser.
