Antik yazıtları çözmesi için ARCAM tarafından Japonya'ya gönderilen dâhi Profesör Rie'nin kaçırılmasıyla, genç bir Spriggan ajanı onu kurtarmak için harekete geçer.

ARCAM, Türkiye'nin karlı dağlarında gizemli bir ahşap gemiye rastlar. Yu, geminin anahtarına sahip olan sibernetik olarak güçlendirilmiş bir çocukla karşı karşıya gelir.

Lanetli bir ormanı araştırarak efsanevi ölümsüzlük nektarı Soma'nın izini süren Yu, ormandan çıkış yolunu bulmak için beklenmedik müttefiklerle iş birliği yapar.

Yu, yanlış ellere geçen antik bir savaş silahını geri almaya çalışır. Ancak Yu'nun elinden kurtulan düşman, bu ölümcül makineyi tekrar canlandırmayı başarır.

Profesör Kawahara, nükleer bombadan daha güçlü olan eski bir kafatasını korumaya çalışırken bir trajedi yaşanır. Bunun üzerine intikam almak isteyen Yu, Mısır'a gider.

Yu, okyanusta bir görünüp bir kaybolan esrarengiz bir adayı araştırırken eski bir arkadaşından yardım ister. Ancak bu durum, geçmişiyle yüzleşmesine neden olur.