İkinci serinin ilk filmi olan “Hayalet Gemi”de Suriyeli göçmenler ve umut tacirlerinin soluksuz hikayesiyle çifte cinayet düğümünün nasıl çözüleceği işleniyor.

Tarlabaşı civarında bir çöplükte, emniyette sevilen bir polis olan Ekrem Komiserin cesedi bulunur. Cumali en yakın dostu Ekrem’in öldüğünü öğrenince yıkılır ve katili bulmadan rahat edemeyecektir.

Bir villada aynı aileden üç kişi hunharca katledilmiştir. Hayatı kumar yüzünden mahvolan, karısı ve küçük kızından ayrı, sefil bir hayat yaşayan Mehmet cinayetlerin sorumlusu olarak görülür.

Göl kenarında, park halindeki lüks bir araç içinde iki kadın cesedi bulunur. Maktullerden Begüm başarılı bir doktor, Elif ise hayatını eskortluk yaparak kazanan bir kadındır.

Baraj suyunun çekilmesiyle birlikte kırmızı bir bavulda iskelet olduğu görülür. Yapılan incelemeler sonucunda kemiğin genç bir kıza ait olduğu belirlenir. Olayı öğrenen Ersin ise bavuldan çıkan kemiklerin olaydan 6 ay önce kaybolan karısına ait olabileceği ihtimalinden şüphelenmektedir. Ersin'in tek amacı katilin tespit edilmesidir. Ancak maceraya atıldıkça ortaya çıkanlar olaya bambaşka bir anlam kazandırır.