Samuel (Rocky), Jeffrey (Colt) ve Michael (Tum Tum) adındaki üç kardeş, yaz tatillerini Japon dedeleri Mori Tanaka’nın yanında geçirir. Mori, torunlarına ninjalık eğitimi verir ve onlara dövüş sanatları, dayanıklılık ve zihin gücü gibi önemli beceriler öğretir. Kardeşler, dedelerinden aldıkları bu eğitimle hem eğlenir hem de becerilerini geliştirmeye başlar. Bu sırada, FBI ajanı olan babaları, Victor Wong adında tehlikeli bir silah tüccarını soruşturur. Ancak Victor Wong, babalarının dikkatini dağıtmak için çocukları kaçırmaya çalışır. Wong’un üç beceriksiz adamı çocukları kaçırmaya çalışsa da, ninja becerilerini kullanan kardeşler onlara karşı komik ve yaratıcı bir şekilde kendilerini savunur. Kardeşler, ilerleyen süreçte Wong’un planlarını bozmak için daha büyük bir mücadeleye girerler.
